动乱就此结束了，人们在废土上开始建立城市，建立国家，繁衍生息，古老的神秘力量也开始复苏。
除此之外，因核辐射的缘故，人类的基因发生了某种改变，或者说是古老的隐藏基因被激活，使得世界上诞生了一批能力者，能力者生而强大，因效果不同，被分为五个级别，从一级到五级。
有强大的能力者为了维护能力者的利益，成立了变种人学院，也有人为了研究清楚能力者的能力的秘密，建立了名为学院都市的存在。
和平一直延续了五十年，就在所有人都以为和平还会继续延续下去的时候，一群奇异的人突然来到了这个世界。
那群人，以远超这个世界的力量以及科技手段，在短短的时间内，便统治了这个世界，所有具备超凡能力的人，都被抓了起来，进行惨无人道的研究。
那群人自称轮回者，强大的力量，先进到不可思议的科技手段，使得世界再次陷入了恐怖统治。
在轮回者的力量面前，没有任何人可以反抗，以往在普通人眼力，宛如神一般的人，也只能沦为为牢笼里的小白鼠。
轮回者肆意的在这个世界做着试验，也对这个世界造成了毁灭性的打击，留下了无尽的罪于恶。
直到有一天，轮回者里那些宛若神魔一般的人物，却是突然消失了，只留下了许多弱小的轮回者。
一场革命，就此轰轰烈烈的展开，曾经被轮回小白鼠的能力者，与靠修行的方式获取超凡力量的人，联合起来摧毁了轮回者的统治，也获得了轮回者所留下的大量技术成果。
靠着轮回者的遗留，在二十一世纪末，一连诞生了四个霸主，这四个霸主，按照旧往的等级划分，都是八级的存在，被称为神主！
其中东之霸主，北斗神拳的传人，终结了二十世纪末霸主之人，堪悟天命境界，把握造化，拳术通神，在遥远的东方，建立起了北天圣门。
西之霸主，乃是一个大魔术师，名叫远坂时臣，他获得了轮回者的关键技术，沟通了根源之恶，化生万恶之源，一举成为lv8级神主，在西方建立起了罪恶之国。
南之霸主，是一个原都市学院的lv5能力者，御坂美琴，在轮回者的统治破灭之后，她获得了一部分封神技术，靠着自己的百万克隆体，点燃神火高举神座，一举封神，于世界以南建立了自己的神国。
至于最后的北之霸主，曾经是一位和善的老人，很多人都亲切的称呼他为光头教授，不过在轮回者惨无人道的试验之中，光头教授性情大变，人形被彻底磨灭，只余最纯粹的神性。
化作无情神邸的老人，灭度苍生，认为人性只是阻碍人进步之物，在世界以北建立了一方无尘之地。
在动荡毁灭以及新生之中，迎来了二十一世纪的终末，以及之后，四位神主，长达百年的争斗。