开始，他用芦苇和稻草建了一座小教堂作为祈祷的地方，称之为“神圣的三位一体”。当学生们得知他愿意免费教学后，他们为自己搭建了一所临时学校。他在演讲时的听众并不多，只有很少一部分人。为此，他们觉得应该增加听众的规模和数量。为了报答他，学生们一起帮助他造房子，并以木材和石头建造了一座新教堂。这座教堂命名为“圣灵”，好像是说明当他逃离人类社会而变得孤独和失望时，其门徒们的爱情却俨如圣灵般地进入其生命中。
阿伯拉尔在圣灵修道院度过了非常愉快的三年时光。他将那些热心学生的演讲保存下来并重新编集成两本新书。这两本书的教义均是正统的，但在一个对大部分希腊哲学仍很陌生的时代里，有人发现书中有许多对异教思想家的赞美，以及暗示柏拉图的思想中亦包涵某种程度的宗教启示时，不免会让人有点惊奇。他不能相信所有这些基督教以前时代中的大思想家都失去救世之意；他坚信：神把他的爱给所有的人，包括犹太人和异教徒在内。阿伯拉尔固执地再回到对神学的理性辩护，他认为异端邪说必须以理性而非以武力来阻止。那些坚持认为信仰不须理解的人，在很多事件上，是想掩饰他们没有能力睿智地启导信仰的无奈。此言就如一根芒刺刺入某些人的肤肉！
他的身体的确是隐藏着。但他的名声却响遍了整个世界。他著书立论的大胆，以及敏锐智慧之咄咄逼人，他以前的对手，看到已无实力再做那些伤害他的事，便煽动一些新使徒，使他招致了新的敌人，尤其是引来了教会权势人物如明谷的西多隐修会长老伯尔纳和普雷蒙特雷修会的创建者诺贝特的嫉妒和敌视。这两人四处传道，用各种方式极力地诽谤阿伯拉尔。他们散布有关他的信仰和生活方面的邪恶报告，甚至煽动他最好的朋友一同反对他。他们还以各种可能的方法对他造谣中伤，引起许多权威人士来对他嘲笑。当他得知有一个新的教士会议要召开，而这个会议是为了他的被定罪而召开的。
就在他面临着十分危机的时刻，有一个机会不期而至，让他可以暂时避开敌手的攻击。在较小的布列塔尼，在瓦纳主教那，在茹伊滋的一个叫圣基尔达斯修道院。当地的公爵就把他安排在布列塔尼领地上的圣基尔达斯修道院任院长。这个修道院弟兄会要他过去，并有管理那片土地的王子的批准。他很容易获得了许可，接受了这个修道院院长和弟兄会的职位。实际上，这是当地的公爵阿博特·苏格尔为了平息这场风暴而故意做出的这种安排。
这是一项提升，也是一种监禁。这里是一片蛮荒地带，修道院的人十分地野蛮，而且他们的语言让他也听不懂。作为僧侣，他们的卑鄙和不可驯服的生活方式几乎是臭名昭著。该地区的人民既不文明，也目无法律。所以，他很快发现自己处在“野蛮”和“不可理喻”的人民及“卑鄙不驯服”，甚至公开和姘妇同居的教士群中。
这里的一切都让他感到目瞪口呆和不知所措，让他感觉他就象是一个被利剑在威逼着逃向悬崖，为了逃避一个死亡的瞬间，又冲到了另一个死亡的面前。他是在寻求着这个新的危险，以逃避前面那个危险，在那里，在大海波涛可怕的咆哮声中，陆地的尽头不再让他在飞行中避难了，在他的祈祷中，他常常一遍又一遍地重复，“来自于地球的尽头，我会向你哭泣，我的心被淹没了。”