天命六年，1621年，后金攻克明军驻守的沈阳，进而攻打辽阳。
喀尔喀部乘机偷袭沈阳，但被后金击败。
不久，喀尔喀部台吉古尔布什、莽古勒等率六百户投奔后金，努尔哈赤将其女嫁予古尔布什。
此后，对林丹汗心怀不满的一部分喀尔喀、扎鲁特台吉投靠努尔哈赤。
天命九年，1624年，科尔沁部首领奥巴向努尔哈赤称臣，首先归附后金。
次年，林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、***等前往救援，林丹汗被迫退兵。
天命十一年，1626年，后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。
天聪元年，1627年，柰曼、敖汉二部归附后金。
次年，喀喇沁部归附，***发兵征察哈尔。
之后，扎鲁特部归附后金。
天聪四年，1630年，四子部落、阿噜科尔沁部归附。
天聪六年，1632年，翁牛特部归附。
四月，***再征察哈尔，令喀喇沁、扎鲁特、敖汉、柰曼、翁牛特、巴林、科尔沁等部前来会师。
但蒙古各部多不愿与察哈尔交战。
五月，后金进军至归化城，林丹汗南渡黄河，逃往鄂尔多斯。
后金俘获察哈尔数千人。次年，茂明安部、乌喇特部归附。
天聪八年，1634年，林丹汗病死于大草滩，察哈尔、克什克腾部众相继归降。
次年，1635年四月，林丹汗之子额哲出降，献元代传国玺“制诰之寳”，察哈尔部灭亡。
鄂尔多斯部、归化城土默特一并归降。
天聪十年，1636年四月，漠南蒙古各部王公台吉来盛京朝觐，奉***为蒙古大汗。
***改国号为大清。类似于唐帝对草原地区自称天可汗。
清主在汉地称帝的同时，也同时声称继承了蒙古的汗位，并得到了蒙古诸部的背书承认。
但李唐对于草原地区就是简单册封部落首领官职，并对部落冠以州名，最后再加以外交制衡，避免出现独大。
其效果甚至不如明代的经济制衡，突厥、薛延陀、回鹘、黠戛斯、契丹诸部竞相崛起，唐在漠北获得了一次次的战术胜利，却总是换来新的草原之主。
清代另辟蹊径，构建出了一套针对牧区的地方行政体系，盟旗制，将游牧部落齐民编户，禁锢在各自的小片土地上。
实质上，是将前代的众建分其势的治理原则，予以制度化。
清廷采取了直接统治的策略，称蒙古大汗，宣称直接继承了蒙古帝国法统；奉黄教，笼络蒙古各部的宗教势力。
对战略要点建城并驻军，由各路将军统辖。
对蒙古基层采取盟旗制，离散部落、齐民编户。
盟旗制大体如下清对归附的蒙古部众，按盟旗原则重新安置归附的蒙古诸部，直至全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。
其中，旗是清廷设在蒙古地区的基层行政单位，在法理上是清朝皇帝，也就是蒙古大汗，赐给旗主的世袭领地。
旗经过编织佐领，安置属民，分给牧地，划定旗界，通过任命札萨克（执政官）而形成。盟为旗的会盟组织，合数旗而成。
每盟设正副盟长各一人，由清帝派人兼摄。盟长的主要任务是充当三年一次的会盟召集人，履行比丁、练兵、清查钱谷、审理重大刑名案件、监督属下各旗等职责，但无发兵权。
同时，清代严格限制各旗属民越旗游牧、耕种、往来、婚嫁。盟旗制下，蒙古诸部的经济基础实质上已从游牧制转变成畜牧制，实现了人口土地紧密结合，方便清廷统治。
至此，蒙古旧地被分割成内属、外藩共计262旗。其中外藩蒙古各旗主的权柄已形同西南土司，而内属蒙古甚至已经实现“改土归流”，由清帝直接派遣旗主。
有清一代，牧区再也无法自发形成新的权力中心，或者说，清廷成功把自己打造成了蒙古高原的新核心。
汉武帝大举讨伐匈奴，到匈奴分裂，南匈奴内附，再到匈奴统一，扶植汉奸政权，再到匈奴再次分裂，东汉驱逐北匈奴。两汉四百年，能比较有效的羁縻南匈奴的岁月合起来都不到一百年。而东汉驱逐了北匈奴，北匈奴的地盘也不过是被鲜卑占据。
而鲜卑，南匈奴，羌人的骚扰一直持续到汉末灭亡为止也未见消停。唐代，搞安倍都护府，狼山都护府，不仅授予漠北各部酋长官职的做法和明代差不多，而且维持时间都不超过三十年。
而唐朝近三百年，其实统治北边，只有十分之一的时间，并不算成功。
所以在韦爵爷看来，统治蒙古最成功的还真的得算建奴。
建奴在许多管理方面，的确很有天才，他们有自己的优势，因为他们本身就是边外崛起的，他们更懂得关外部族都是怎么管理的，都是怎么样的想法。
不像汉人统治者，一开始都是想的好好的，过不了多久就改变了，或者放松了。