宋初非常重要的三司职能划归户部、工部后，予以撤销，伴随着三司存在了上百年的三司使——计相不复存在了。另外撤销的重要机构是谏院，其“规谏讽谕”之责，由设在门下、中书两省的左右谏议大夫、左右司谏、左右正言的职官担任。对于行使监察职能的御史台则隶属于尚书省。这样显然可以让建议都更加切中实际，避免天马行空的提意见。
改制后，“罢去空名”，有名无职的那些寄禄官岗位被撤销。这样显然就裁掉了不少冗官，而这些寄禄官通常都是恩荫来的，仗着家世都很傲气。但这次改革是神宗皇帝亲自主导的，反改革派们自然不敢怒、不敢言，神宗皇帝的态度是明确的，苏轼的前车之鉴就在眼前。而“实典职事”，是把正官和差遣合二为一，以阶官代替正官。新寄禄格，从最高等开府仪同三司到最低等的承务郎共二十四阶。
改制后，三省六部重掌职权，机构名实相符，废止了一些重叠机构，确实理顺了行政关系。实行以阶易官，新的寄禄格简单明了，简化了职官制度，减少了官员岗位。至此，“元丰改制”的两个目的，一是理顺各机构行政关系；二是减少冗官，就都达到了。
改制后行政效率提高了，但问题就出在效率提高了。做正确的事效率提高了，做错事的效率也提高了。生产力发展了，就需要提高政府的行政效率，政府效率一旦提高，如果政府做事的方向是错的，高效的行政只是加速灭亡。
原本司法机构审刑院和大理寺是独立于行政机构中书省的，虽然立法权仍然在中书省，但至少还是做到了司法独立。现如今司法全部归于尚书省的刑部，那就不可避免的将行政、立法、司法三权融为一体，完全不分立，统属于政事堂。皇权还经常凌驾于法律之上，这样的高效不就是祸患吗？
再看谏院与御史台的裁撤，虽然之前靠官员监督官员，官员监督皇帝的做法不是什么好政治，但是监督还是比不监督要好一点。当然最好的监督是引入百姓的监督，但在一个连立法都和百姓无关的时代，怎么可能做到百姓的监督？百姓无权监督，官员也无权监督，必然将走向堕落，也就不会有什么好政治。
如果士大夫的权力在不断裁撤，皇权则就在加强，也许这也正是神宗皇帝想看到的。在一个纷扰的世界里，怎么可能存在一个人总是代表正确？神宗皇帝认识到官员不可信，可他没有想过，其实自己也未必可信，只有良好的制度才能减小政治风险。但建立一个优良的制度又谈何容易，每一个人来到这个世界上何尝是干干净净的来？呱呱坠地的那一刻，血液中便凝结着传统，这传统更是充满了偏见与执拗，人们从此禁锢在洞穴中。每个人都那么热切的盼望走到海天的尽头，去看世界的真相。然而，地平线却一直伴随着我们，我们走到哪里，它就跟到哪里，局限着我们，禁锢着我们。
文彦博曾提醒神宗皇帝，陛下是在与士大夫共治天下，而不是在和百姓共治天下。言外之意，不要万事都站在百姓一边，可神宗皇帝为什么不想一想，凭什么不能和百姓共治天下？