9月中旬，委员长调集部队，准备武装解决两广。而粤桂两军则出动30万人马，飞机一百多架，内河舰艇二十多艘，抢先进攻湖南。但当时何键已经投向中央，和中央军一道防堵粤桂两军。粤桂两军暂停于湘南，不再前进。委员长在广东培养反陈势力已经多年。两广一起事，粤军第一军军长余汉谋便暗中与委员长联络，随后发表通电，宣布归顺中央。委员长则允诺倒陈后，粤军实力大损。新桂系三大首领赶紧与陈济棠见面商议，统一军政，财政，并且将军心已经不稳的粤军布置在内线，而桂军布置在外线。
10月13日，南京政府五届二中全会决议撤销西南执行部，军委会则宣布撤销陈济棠的职务，以余汉谋取而代之。同时为了分化粤桂，宣布李宗仁，白崇禧的本兼各职不变。但是新桂系没有上当，还尽力扶持陈济棠，建议陈济棠立即将钱粮，武器和可靠部队掌握，退往粤西，背靠桂系，同时准备派桂军入粤，稳定广东局面，但是形势已经急转直下。
7月14日，余汉谋向陈济棠发出通牒，要求陈济棠24小时内离开广东，同时出兵向广州进攻，陈济棠所部第二军不战而退，准备迎余汉谋以代替陈济棠，陈济棠所部军心大乱。白崇禧立即电告陈济棠，形势危急，劝陈济棠不惜血本，以金钱，官职为诱饵迅速稳定军心。但仅过了一日，陈济棠之广东空军便在司令黄光锐的率领下全数北上投靠委员长，陈济棠已经心灰意冷，决心下野，遂不再理会白崇禧的提议。18日，陈济棠在将过渡政务军务安排妥当后，前往香港，淡出政坛。陈济棠最亲信的陈汉光师，被陈济棠命令入桂，并且附送军费数十万元。但陈汉光师不愿入桂，被余汉谋部收编，至此，陈济棠在广东之势力被连根拔起，除了数十万军费归新桂系所有外，全部被余汉谋接收。
陈济棠倒台，委员长立即威逼新桂系，顾祝同率薛岳等部自贵州进逼，余汉谋所部自雷州半岛进逼，陈诚部自西江沿江而上，何键湘军则自湘桂边境窥探桂林，新桂系形势危急。新桂系立即以民团制度动员全省后备兵源准备迎战，建制军队扩充兵力至44个团，另外尚有近10万地方民团。共约兵力20万，据险固守。同时为了争取舆论支持，驱逐桂军内部所有的日籍教官，顾问。由于新桂系不同于粤系，其形成过程中形成了以李白二人为核心的团体组织，向心力十分稳固，委员长对新桂系的收买分化未能成功，新桂系内部居然没有军政人物投票委员长。10月15日，南京政府通电全国，宣布将李宗仁、白崇禧外调，明升暗降，但同时又委任原属新桂系，但早在中原大战便已经投入委员长的黄绍竑主政广西，企图分化新桂系。李白二人拒不到职，而黄绍竑暗通桂系，居然公开表示不愿就职。两广事变陷入僵局。
就在这个时候，唐聚五将军发表讲话，现在大敌当前的情况下全国人民应该团结起来，共同抗击外敌，命令所有的部队返回原地，一切以大局为重，广西省省长依然是李宗仁，参谋长白崇禧，湘军全部退回湖南，南京政府军全部退回江西，赖三军团暂时不允许参加任何一方行动，广东省省长余汉谋担任，大局为重加紧练兵，日本的侵华战争的脚步已经不远了。
这个时候的那些军阀和南京政府都傻了，何健的军队一看唐聚五发话了马上全部军队撤回，陈诚部也是没有按照委员长的部署全部撤回南昌，一场危机就这样化为乌有，委员长在南京大骂唐聚五娘希匹的多管闲事，这个时候的唐聚五又是明码要求俩个省人开始驱逐所有的日本人，战争已经不远了，那些人分分钟都是日本特高课的人员，如果你们不照办的话，缅甸军队帮你们办到，限期为一个月的时间不要讲任何的理由，还有其他的省份也要遵照命令执行。南京政府和日本政府也是傻眼了，这就是威胁，俩广的军队面临威胁的时候也不得不照办，余汉谋更加很没收日本人的全部财产，所有的日本人只能带着随身物品，把他们全部赶到香港哪里，上海的军舰这个时候已经在广东海域巡航，余汉谋在这次的行动中大赚一笔，据说有一亿多美元。