海军南洋舰队新装备了一艘200吨级的铁甲舰，定名为1853式炮艇。这艘炮艇正是杨烜巡视桂北时，乘坐的那艘试验舰。
战斗中，这艘铁甲舰一马当先，冲入清军福建水师泊地。福建水师战船仍以老旧的赶缯船为主，火炮落后。炮弹打到铁甲舰上，只留下一个轻微的弹印，就被弹了回去。
对铁甲舰稍有威胁的，是炮台上的重炮。为对付炮台，海军陆战队在炮台两翼登陆。这一屡试不爽的方法，居然在厦门再次奏效。
南洋舰队在厦门、金门扫荡一天，基本消灭了福建水师主力战船。
厦门以西的泉州府、漳州府清军风声鹤唳，以为革命军将要进攻泉州、漳州两府。
不曾想，南洋舰队在厦门休息了一晚，第二天早上直接北上，目标直指福州。蒸汽战舰在海上来去自如，清军只能望洋兴叹。
正月十二，南洋舰队抵达马江，在此与福建残余水师发生战斗。
马江，实际上就是闽江。从福州东南乌龙江与南台江汇合处，至入海口的一段的闽江，俗称为马江，又名马尾。
马尾有一处天然良港，四周群山环抱，港阔水深，可泊巨舰。列强军舰在福建海面遭遇台风，常常驶入马尾躲避风浪。
历史上，左宗堂担任闽浙总督时，看中了这处海港，在此创建了马尾造船厂、福建船政学堂。
马尾距离福州仅百里，又是福建的重要屏障，战略地位相当重要。
南洋舰队司令李锐率舰闯入马尾，与福建水师残余战船交火，再次大胜。他被马尾的地形所吸引，当即产生了以马尾为军港的念头。
从马尾往西至福州，沿岸皆为崇山峻岭，清军在此设有多座炮台。但清军的大炮实在过于拙劣，以发射实心弹为主，射程又短，威力相当有限，对革命军战船威胁不大。
倒是清军在闽江上凿沉战船，阻塞航道，有效迟滞了革命军的行动。
兵来将挡，水来土淹。革命军派出潜水员潜入闽江，在沉船船舱内安装高能炸药，使用爆破法清除水中沉船。
怡和公司已经发明了高度稳定的高能炸药。这种炸药成品为胶质，可制作成各个形状，即便撞击都不会引爆。要想引爆这种炸药，只能通过雷管。
历史上，雷管是由诺贝尔于1865年发明的。诺贝尔使用雷酸汞制作雷管。雷酸汞十分活泼，受潮后容易引发事故。杨烜则指导怡和公司弹药厂，使用叠氮化铅制作雷管，安全性、稳定性大为提高。
清军只见革命军在水下沉船处进进出出，却不知道他们要以新式炸药作水下爆破，以疏浚河道。
不少民船堵塞在闽江上游，躲在远处围观两军交火。清军堵塞河道，民船受阻，船民皆敢怒不敢言。
下午三时，水下炸药敷设完毕。革命军对外发出警报，驱散沉船附近的民船，自身各战船也撤到安全距离以外。
三时二十分，南洋舰队司令李锐一声令下，引爆水下炸药。只听“咚咚咚”一连串巨响，闽江江面上掀起巨大的水浪。
沉船被高能炸药炸得粉碎，木船碎屑浮上水面，顺着水流飘向下游。清军、船民都惊得目瞪口呆。
在时人的认知里，炸药都为黑火药，黑火药遇水受潮将失效。不知革命军装备了什么火器，能够在水下爆炸？威力大到能够炸碎清军的沉船？
不等清军反应过来，南洋舰队已经冒险通过沉船区，向闽江上游的福州进发。
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清军守卫福州，以沉船、炮台为凭恃，却都被革命军轻易突破。闽浙总督瑞麟听说清军接连败北，守军人心涣散，心里早就怂了。
瑞麟听取了徐师爷的计谋，决定移驻杭州。他把福州防务托付给福建巡抚王懿德，自己带上囚犯杨国桢，经福州北门逃往浙江。