然而南京兵部还是力主调三总兵至安庆，东林党出身的兵部尚书高弘图、大学士张慎言、姜曰广等人更计划以召马士英入阁名义，使自湖广回返的史可法接替马士英掌管淮西兵权，如此说不定局面还有救。
这个消息被马士英的好友阮大铖探得，急忙派人密告之，马士英气得大骂东林党人全部是一群蠢猪，指出国事有今日之坏始于可法，岂能再用可法督军。
几天后，阮大铖亲自来到凤阳，这一回他给好友带来了大顺隆武皇帝的亲笔信。谷郯
陆四给马士英的信并没有太多废话，只是要求其能领淮西军归降，不使国家人民再多生伤亡。
信末，一句“凤督实非救时之相，然却可为治国能臣。”
阮大铖实言相告，只要马士英愿意归降，大顺便委以江浙总督重任，他日更可入主中枢为一代贤相。
“瑶草当知，无论淮西兵是否去安庆，南都都有陷落之危险...”
阮大铖从实际局面及将来苦劝马士英降顺，如此卖力原因是大顺那边许了他一个侍郎官衔。
马士英知道阮大铖说的没错，不管明军现在集中兵力对付哪一边，都不可能挡住顺军渡江的步伐。
而他马士英到底是选择做明朝的死忠，还是选择做大顺的治国良相？
一夜难眠之后，马士英让其子马銮掌握住以贵州兵为主的督标，这支部队万万不能脱离他的控制。
原是想再等一等，看看南都那边是否真的想以史可法代替自己，未想内阁首辅王铎竟然认为马士英在淮西两年，不仅抵御左兵不力，也畏战不敢北伐，今逢国难更是只顾保全自身，故请求皇帝下旨让他“领兵视师上江以遏重敌”。
马士英哪里愿意放弃兵权。王铎急不可耐，又在十六日上疏说：“臣察得金山一带西至龙潭，兵不满七百，枢臣饰以为数十万，此何时尚以此固宠诳君欤？”
接着又说：“时不能持久，使顺贼大兵得乘胜顺流而下，吾无类矣。今皇上以本兵印纛授臣，臣勉竭死力西上，以当其势，以报朝廷。”
王铎拼命想从马士英手中抢夺兵权，看起来是对马士英督镇凤阳无为的不满，其实也是阻止史可法再次督师。
然而实际上，王铎上书是受康王孙武进指示的，而康王孙武进又是奉大顺御营之令行事。
目的是逼迫马士英归顺。
可怜王铎浑不知自己正在替大顺解决最头疼的一件大事。
到了二月中旬，马士英终是决定归顺。
早就同陈洪范密约归顺的刘良佐一听马士英都降了，赶紧让士兵换下城上的明军旗帜，扔身一变成了大顺军。
淮西其余兵将余大绥、朱纪等也在监军太监卢九德的带领下易帜，独黄得功耻于降贼，可其部下田雄、马得功等人却在顺军拉拢下决意投降，使诈将黄得功擒住却不敢杀黄，原因是大顺那边的使者说陛下曾赞黄闯子为忠臣。
淮西兵将的集体降顺让已经风雨飘摇的南明小朝廷彻底失去了最后一口气。
休整了三个月的顺军西线主力十余万人自九江东下进驻安庆，并在淮西兵的配合下直趋南京。
顺军东线两个军也终是得到渡江命令，于三月二十一日自扬州、通州同时渡江。
当天，镇江总兵张天禄、操江总兵郑鸿奎宣布易帜，长江天险荡然无存，南都告危。
三月初九日，康王孙武进举兵入南都，表示要与南都共存亡。