新军建立之初，军事组的原班人马要保存。作为新军的训练者和监视者。建立新军需要军官，所以采取规模减半的办法，保留为20人作为内卫部队，装备现代化武器，另30人进入新军当军官，建立一个教导营。
一旦新军体制完善，军事部直接掌握的武装力量的使命就告结束，除了内卫部队之外，其他人全部归入新军的序列。此后的一切军事行动全部由新军执行。
新军主要采用19世纪武器和冷兵器。初期决定使用的是米尼弹的前装线膛步枪和长矛。枪矛比例暂定为1：1。第一批新军的规模为500人，编一个营，另编炮兵连一个，配9门滑膛炮。如战斗中需要新式武器，可向委员会申请，由内卫部队发放。
军事委员会属下将成立总参谋部，其下分别设陆军和海军两个体系。总参谋部有权指挥海陆军。但是总参谋部无权指挥内卫部队。军委会负责内卫部队的训练、补给，但是无管辖指挥权，由执委会直接控制。
军队不可用于内部冲突。内卫部队主要任务是维护秩序，保护政府机关和保管重要物资。同时负责现代化武器控制。
总参谋部属下成立独立的军事情报部门，负责军事情报搜集和侦查活动。
军事后勤，暂时不建立独立的部门，由执委会委托各专业部门供应，具体调拨由计委控制。
已经在大美村和盐场村实施的民兵方案要继续推行，不仅在这两个村落，在百仞公社也要进行推广。早期采用基干民兵制度，三丁抽一，由穿越者下到各村对基干民兵进行轮训。民兵的武器目前以缴获的冷兵器、旧式火铳、抬枪和制式的6磅滑膛炮（用以村落设防）为主，待到有一定的工业能力之后可給基干民兵装备米尼步枪。
穿越集团没有正式的海上作战力量，只有渔轮用于巡逻――受限于燃料和配件，这些现代化的渔轮的使用必须尽量控制。鉴于这个时代的海盗是东南地区最强大的作战力量，而且目前看来很难与之合作，短期内应在博铺建设海军基地完成要塞化。陆军应支援建设海军要塞炮兵，并在海军基地驻扎一支防御部队。海军在临高角扼海口建立炮台，掩护港口和船坞建设。
张柏林听到这里眨了眨眼，意思就是你们拽什么，还不得低声下气的到老子这里来要大炮。
成立海军之后，原渔业生产组撤销，并入海军。渔业生产依然是现阶段海军的主要任务之一。因此海军受总参和农委会的双重领导，博铺鱼品加工厂继续属农委会所有。海军的兵员，由陆军负责招募和训练，以后再独立成系统。
为了在初期统一海上力量，避免多头管理，实行“凡是海上飘得都归海军”的体制，无论是从另一个时空带来的船只还是从在本地缴获购买的，也不论其目前的用途，全部归口海军管理。