荷兰人已是西方海洋经济世界的超级大国，天启四年（1624年）1月底，郑一官离开田川氏和还没有出生的儿子，被李旦派到澎湖，担任荷兰人的通事。荷兰人给于这个来自日本的通事优厚的待遇，但荷兰人这时正与明军进行军事对峙，双方没有交往，中国商人也不可能与荷兰人交易，郑氏兄弟并不得意。
天启五年四、五月间，也许是在荷兰人手下没有太多的发展，奉义父李旦之命，郑一官离开荷兰人，开始亦商亦盗的海上生涯。
两个月后，身为日本长崎、平户海商的李旦向宋克长官请领了出航许可证，在7月从大员启程回到平户，但一个多月后，就在平户去世了。李旦死后，他在台湾的产业和事业都归郑一官所有，为郑一官合并当时台湾既有的其他汉人武装势，及从大陆招收新的势力到台，开始坐大，李旦而于厦门的则落入许心素的手里。
郑一官自立门户后，从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为十八芝，并从此改名为芝龙，而不再称一官。郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时东南海上最大的武装集团。
天启六至七年，闽南发生严重旱灾，遍野赤土，许多村落连草根树皮都被吃尽。农历二月，郑芝龙利用此机会，自率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所（今厦门）和广东靖海、甲子等地，不久又回师福建，再犯泉州、厦门，袭铜山，陷旧镇，击败金门游击卢毓英、福建总兵官俞咨皋的进剿，纵横东南海上，声势所向披靡，官兵疲於奔命，莫可奈何。奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠。这一仗郑芝龙打败官兵和许心素，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，也代表着泉州帮势力的兴起。
郑芝龙以台湾魍港为基地，劫掠福建及广东数地，使明朝官兵疲于奔命，虽其间有朝廷招安动作，郑拒绝并在台海纵横两年六个月，雄霸一方。
郑芝龙势力至崇祯元年已有船700艘；当时福建泉州府同安知县写给福建巡抚的文书中说郑芝龙虽事劫掠，但对泉州百姓却是异常仁慈，不但不杀人，甚至救济贫苦，威望比官家还高。“所到地方但令报水（即通报官府踪迹），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”
崇祯皇帝即位后，郑氏兄弟同年自台湾率领十八芝进攻泉州，大破福建舰队，燕京震动，朝廷招安海盗。崇祯元年，闽南又遭大旱，饥民甚众。郑芝龙在熊文灿支持下，再度招纳漳、泉灾民数万人，
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